یکی از اصلیترین بخشهای فن کویل فیلتر آن بوده که در تنظیم و کنترل دمای محیط، اثرگذاری فوقالعاده بالایی دارد. بر اساس عملکرد فن کویلها، در ابتدا هوا از فیلترهای مخصوصی که در دستگاه تعبیه شده، عبور کرده و سپس وارد فن کویل میشود
بر اساس مش یا توری بکار رفته جهت تصفیه و پالایش هوا :
فیلتر فلزی (سیمی / گالوانیزه / آلومینیومی )
فیلتر پلاستیکی (پلیمری)
فیلترهای ترکیبی (پارچه ای و فلزی)
فیلتر نمدی (پارچه ای )